Trước yêu cầu quản lý, bảo vệ chủ quyền biển, đảo của Tổ quốc, ngày 26/10/1975, Bộ Quốc phòng ra quyết định thành lập bốn vùng duyên hải (nay là Bộ Tư lệnh Vùng 1, 2, 3, 4, 5 Hải quân). Việc ra đời các vùng Hải quân đánh dấu sự phát triển lớn mạnh của lực lượng Hải quân nhân dân Việt Nam.
Là lực lượng nòng cốt quản lý, bảo vệ chủ quyền vùng biển, đảo thuộc các tỉnh, thành phố duyên hải miền Trung, những năm qua, Vùng 3 Hải quân tập trung nâng cao chất lượng tổng hợp, sức mạnh chiến đấu với nhiều giải pháp đồng bộ, hiệu quả, trong đó lấy xây dựng vững mạnh về chính trị làm cơ sở và đột phá nâng cao chất lượng huấn luyện, trình độ tác chiến trên biển, góp phần xây dựng Đảng bộ trong sạch, vững mạnh, Vùng vững mạnh toàn diện 'mẫu mực, tiêu biểu'.