Sau khi Chính phủ thành lập cơ quan Kiểm toán Nhà nước (KTNN), ngày 11-10-1995, Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam đã ban hành Quyết định số 592/QĐ-TM thành lập Phòng Kiểm toán thuộc Cục Tài chính (Bộ Quốc phòng) với chức năng, nhiệm vụ phối hợp với KTNN xây dựng kế hoạch, tham gia với KTNN thực hiện kiểm toán trong Quân đội khi có yêu cầu; tiến hành kiểm toán các đơn vị theo kế hoạch nhằm phát hiện những vi phạm, sai sót để chấn chỉnh công tác quản lý tài chính, kế toán, thực hiện theo đúng quy định và phổ biến, bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán cho cán bộ làm công tác tài chính, kế toán trong Quân đội...
Đổi mới cơ chế quản lý tài chính quân đội, các cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ CHQS tỉnh đảm bảo đầy đủ, kịp thời kinh phí thực hiện các nhiệm vụ chính trị, cải thiện đời sống bộ đội, tăng cường tiềm lực quốc phòng và sức mạnh chiến đấu của Quân đội trong tình hình mới.