Sau khi bão số 3 quét qua, hoàn lưu bão gây mưa lớn, nước từ thượng nguồn đổ về khiến nhiều khu vực của Thủ đô Hà Nội ngập sâu. Chịu ảnh hưởng đầu tiên là những khu vực ven sông Hồng, sông Nhuệ, sông Bùi...
Ngày 12-9, tại huyện Mỹ Đức, TP Hà Nội, mực nước một số sông, hồ trên địa bàn dâng cao khiến nhiều nơi bị ngập úng trong thôn Phú Hiền, xã Hợp Thanh gây ảnh hưởng tiêu cực đến cuộc sống người dân địa phương.