Ngay sau khi sáp nhập, xã Ngọc Liên đã tiến hành rà soát toàn diện các điều kiện tự nhiên, quỹ đất, cơ cấu cây trồng, vật nuôi cũng như nhu cầu thực tế của người dân. Trên cơ sở đó, địa phương tập trung tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng, phát triển bền vững, phù hợp với điều kiện địa phương. Qua đó, từng bước chuyển đổi tư duy từ sản xuất nhỏ lẻ sang sản xuất hàng hóa, liên kết theo chuỗi giá trị, từng bước nâng cao hiệu quả kinh tế trên một đơn vị diện tích.
Thuộc xã đặc biệt khó khăn nên để đạt tiêu chí thu nhập trong XDNTM, ngay sau khi hợp nhất và ổn định tổ chức bộ máy mới, xã Thanh Kỳ đã tập trung phát triển kinh tế, nâng cao thu nhập cho người dân.