Tại TP. Hà Nội, việc quản lý và sử dụng hiệu quả các nguồn lực đầu tư cho bảo vệ môi trường được xác định là nhiệm vụ trọng tâm của Thành phố. Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác quản lý và sử dụng kinh phí bảo vệ môi trường (BVMT) vẫn còn một số khó khăn, bất cập như Kiểm toán nhà nước và Thành phố đã nhận diện; đồng thời đã, đang có giải pháp khắc phục.