Chỉ đạo tuyến là một trong những trách nhiệm chính của Bệnh viện Phụ Sản TW. Thực hiện Nghị quyết 72, bệnh viện tập trung nâng chuẩn chất lượng, lan tỏa năng lực chuyên môn xuống toàn hệ thống thông qua đào tạo, chuyển giao kỹ thuật, mô phỏng, hội chẩn từ xa nhằm chăm sóc người bệnh tốt hơn, đồng thời nâng cao năng lực hệ thống.