Mặc dù có nhiều loại hình như phà sông, phà biển, bus sông, tàu cao tốc… nhưng thực tế, giao thông đường thủy ở TPHCM - cả trước và sau sáp nhập - chưa thực sự phát triển, chưa đáp ứng nhu cầu di chuyển thực tế của người dân.