Để phù hợp với mô hình tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp, sau khi giải thể Ban Chỉ huy Quân sự cấp huyện, Bộ Quốc phòng đã thành lập 145 Ban Chỉ huy Phòng thủ khu vực tại 34 tỉnh, thành phố trên cả nước.