Sau sáp nhập, Sở GD&ĐT tỉnh An Giang có 7 phòng chuyên môn trực thuộc với 118 biên chế công chức và 8.029 biên chế viên chức.
Sau sáp nhập, Ban Giám đốc Sở GD&ĐT tỉnh An Giang gồm Giám đốc và 6 Phó Giám đốc.