Phù Yên có 40 doanh nghiệp, đơn vị sử dụng lao động, với gần 5.000 công nhân làm việc trong các lĩnh vực xây dựng, sản xuất vật liệu xây dựng, giày da và may mặc. Các doanh nghiệp, đơn vị trên địa bàn huyện chú trọng xây dựng môi trường làm việc an toàn, hiệu quả, bảo đảm hài hòa lợi ích giữa doanh nghiệp và người lao động