Mục tiêu của quy hoạch là biến khu di tích này thành điểm đến du lịch văn hóa tâm linh, kết hợp với nghỉ dưỡng sinh thái. Các công trình di tích, như đền Bà Triệu, Giếng Cô Tiên, Cửa Khâu, và Động Đào – Ao Hóp, sẽ được bảo tồn nguyên trạng hoặc phục dựng...
Khu vực bảo vệ của di tích quốc gia đặc biệt Chùa Phật Tích sẽ được điều chỉnh tăng diện tích. Trong đó, Khu vực bảo vệ I tăng diện tích lên thành 1,28ha (tăng 0,05ha); Khu vực bảo vệ II tăng diện tích lên thành 15,24ha (tăng 14,46ha)…