Là huyện biên giới của tỉnh, Yên Châu có vị trí chiến lược quan trọng về quốc phòng, an ninh. Những năm qua, Ban CHQS huyện đã tham mưu cho cấp ủy, chính quyền địa phương tập trung củng cố, xây dựng tiềm lực quốc phòng trong khu vực phòng thủ. Nâng cao chất lượng tổng hợp, sẵn sàng chiến đấu của LLVT, xây dựng lực lượng dân quân, tự vệ vững mạnh, rộng khắp, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới.