Năm 1947, Bộ Y tế di chuyển lên thôn Cầu Bì, xã Tú Thịnh, huyện Sơn Dương. Năm 1949, Bộ ở và làm việc tại xã Hòa Phú, huyện Chiêm Hóa. Năm 1950, Bộ chuyển về xã Hoàn Long (nay là xã Tân Long, huyện Yên Sơn và xã Tràng Đà, thành phố Tuyên Quang); ở và làm việc tại đây cho đến khi về tiếp quản Hà Nội, năm 1954.