Đặc điểm của ngành nghề nuôi trồng thủy sản là thải ra khối lượng nước rất lớn, chứa nhiều chất hữu cơ, thức ăn dư thừa, hóa chất… tiềm ẩn nhiều nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nước.
Những năm qua, hoạt động nuôi cá lồng bè tự phát trên nhiều nhánh sông ở tỉnh Quảng Nam mang lại hiệu quả kinh tế cho các hộ dân, nhưng cũng khiến người dân đối mặt rủi ro thiệt hại nặng nếu xảy ra thiên tai. Mô hình này còn có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cục bộ, cản trở hoạt động giao thông đường thủy.