Các ngân hàng cho rằng họ sẽ gặp phải rất nhiều khó khăn, vướng mắc liên quan đến việc kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động L/C kể từ 1-1-2011 nếu việc truy thu thuế này được thực hiện. Nhưng vấn đề là ở chỗ L/C vừa là hoạt động tín dụng, vừa là dịch vụ thanh toán được các ngân hàng cung cấp trong thời gian này hoàn toàn phù hợp với Luật các tổ chức tín dụng.