Miếu Đôi ở làng Dạ Lê Chánh không có bài vị, không biết thờ ai, không có văn sớ được làng lưu giữ, tuy nhiên ở làng râm ran những câu chuyện mà các bậc cao niên được nghe cha ông kể lại, theo đó có giả thuyết Miếu Đôi là nơi thờ hai vò xương sọ của hai vua Thái Đức Nguyễn Nhạc và Quang Trung Nguyễn Huệ triều Tây Sơn.
Cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX, nhiều người ở Huế đã lan truyền nhau về câu chuyện ba vò 'hoa cái' (đựng xương sọ) của các vị vua triều Tây Sơn bị biệt giam trong Ngục Thất nhà Nguyễn, đã biến mất trong cuộc tháo chạy của quan quân triều đình và tù nhân khi xảy ra chính biến thất thủ Kinh đô năm 1885. Từ đó đến nay, nhiều chuyên gia vẫn quan tâm, theo đuổi nghiên cứu để mong tìm ra nơi chôn cất và thờ các vò xương sọ ấy.
Có giả thuyết về việc hai vò xương sọ của hai anh em nhà Tây Sơn là Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ sau khi được một số quan binh bí mật phá ngục thất – nơi giam giữ vò xương sọ - nhân sự kiện 'Thất thủ Kinh đô Huế năm 1885' đã đưa về chôn ở Miếu Đôi, ngày nay ở làng Dạ Lê Chánh (phường Thủy Vân, TP. Huế).