Bên cạnh những khoảng trống về mặt pháp lý và nguồn lực, thách thức mà các nước thành viên ASEAN phải đối mặt trong việc thực hiện phòng chống xâm hại trẻ em là cơ chế phối hợp liên ngành giữa các bên liên quan.
Công tác phối hợp liên ngành trong phòng, chống xâm hại tình dục trẻ em, đặc biệt giữa ngành giáo dục, y tế, tư pháp của các quốc gia trong ASEAN được đánh giá là chưa thực hiện đồng bộ, hiệu quả.
Ngày 19/4, Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội với vai trò là cơ quan đầu mối phụ trách hoạt động của Ủy ban ASEAN về Thúc đẩy và Bảo vệ quyền của Phụ nữ và Trẻ em (ACWC) phối hợp Ban Thư ký ASEAN và Quỹ Nhi đồng Liên hợp quốc (UNICEF) tổ chức Hội thảo khu vực về thúc đẩy cơ chế phối hợp liên ngành trong phòng, chống xâm hại tình dục trẻ em trong ASEAN.