Nhiều hợp tác xã (HTX) nông nghiệp gặp khó khăn trong quản lý; thiếu vốn, mặt bằng sản xuất; chậm ứng dụng khoa học kỹ thuật cũng như tiếp cận thị trường. Để phát triển HTX bền vững, tỉnh cần tiếp tục có những cơ chế, chính sách về đào tạo nguồn nhân lực, hỗ trợ vốn, đầu tư kết cấu hạ tầng; khuyến khích thành lập các nhóm liên kết, tổ hợp tác (THT) tạo tiền đề cho thành lập HTX.
Những năm qua, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của các cấp, ngành, sự nỗ lực của chính quyền địa phương, sản xuất nông nghiệp trên địa bàn huyện Phù Ninh đã có bước phát triển khá. Đặc biệt, với các giải pháp quyết liệt, kịp thời đã góp phần phát triển kinh tế nông nghiệp bền vững, đem lại giá trị, hiệu quả kinh tế cao.